Kalbininkas, edukologas, pedagogas Leonas Jovaiša gimė 1921 m. sausio 11 d. Lieplaukėje (Telšių r.).
1941 m. baigė Telšių Žemaitės gimnaziją. Mokydamasis pradėjo rašyti eiles ir prozą, priklausė Vytauto Mačernio vadovaujamam gimnazistų literatų būreliui, bet pirmosios sovietinės okupacijos laikotarpiu visą savo ankstyvąją kūrybą sunaikino. 1941 m. vasarą baigė vokiečių kalbos kursus Berlyno (Vokietija) universitete.
1941–1943 m. L. Jovaiša gyveno Anykščiuose ir buvo Anykščių progimnazijos vokiečių kalbos mokytojas. Pirmojoje savo darbovietėje jis globojo mokyklos literatus, 1942 m. rudenį jis subūrė kūrybingus, meninių gabumų turinčius moksleivius: literatus, muzikantus, artistus – ir įkūrė "Meno kuopą", kuri suteikė ryškų postūmį jaunimo meninei veiklai Anykščiuose. Jo iniciatyvą vėliau palaikė ir pratęsė progimnazijos ir gimnazijos direktorius Rapolas Šaltenis.
Dėl surengto improvizuoto vaidinimo – literatūrinio mokinių teismo ir po jo vykusio mokinių ir mokytojų vakarėlio L. Jovaiša įsivėlė į konfliktą su Anykščių progimnazijos direktoriumi Broniumi Juška ir nuo 1943 m. vasario 1 d. buvo iškeltas iš Anykščių.
1943–1948 m. jis buvo Trakų ir Telšių vidurinių mokyklų bei mokytojų seminarijų mokytojas.
1948–1958 m. L. Jovaiša gyveno ir dirbo pedagoginį darbą Klaipėdoje, 1950 m. eksternu baigė Vilniaus universitetą, įgijo filologinį išsilavinimą. 1948–1958 m. jis buvo Klaipėdos mokytojų instituto dėstytojas, 1953–1956 m. kartu dirbo ir Klaipėdos miesto švietimo skyriaus Pedagoginio kabineto vedėju. 1956–1958 m. jis buvo Klaipėdos internatinės mokyklos direktoriaus pavaduotojas, direktorius.
Nuo 1958 m. iki gyvenimo pabaigs L. Jovaiša gyveno Vilniuje. 1958–1970 m. jis buvo Švietimo ministerijos Mokyklų mokslinių tyrimų instituto mokslinis sekretorius, tuo pačiu metu 1958–1970 m. dėstė Vilniaus pedagoginiame institute, buvo docentas.
1964 m. Rusijos Pedagogikos mokslų akademijos Pedagogikos teorijos ir istorijos mokslo taryboje jis apsigynė disertaciją "Profesinis orientavimas kaip sudedamoji aštuonmetės mokyklos mokymo-auklėjimo dalis", buvo pedagogikos mokslų kandidatas. 1971 m. Vilniaus universitete jis apsigynė daktarinę disertaciją "Mokinių parengimo rinktis profesiją pagrindai", buvo pedagogikos mokslų daktaras, 1993 m. nostrifikuotas habilituotas socialinių mokslų, edukologijos daktaras.
1970–1973 m. jis buvo Vilniaus universiteto docentas, 1973–1995 m. – šio universiteto profesorius, 1978–1986 m. – Pedagogikos katedros vedėjas.
1993–1996 m. L. Jovaiša buvo Kauno technologijos universiteto dėstytojas, profesorius.
Jis buvo tęstinio mokslinių darbų rinkinio "Acta paedagogica Vilnensia" steigėjas (1991 m.), 1991–2000 m. – jo sudarytojas ir vyriausiasis redaktorius.
L. Jovaiša parašė ir išleido knygas:
1964 m. – "Pamokų mokymosi organizavimas : metodinė priemonė", "Pamokų stebėjimas ir aptarimas" (su Vytautu Daraškevičiumi).
1965 m. – "Profesinis orientavimas : Lietuvos TSR Tauragės rajono aštuonmečių mokyklų patirtis" (rusų kalba).
1968 m. – "Apie profesinį orientavimą mokykloje".
1970 m. – "Mokinių parengimo rinktis profesiją pagrindai".
1973 m. – "Profesinis orientavimas".
1975 m. – "Psichologinė diagnostika".
1978 m. – "Profesinio orientavimo pedagogika".
1981 m. – "Asmenybė ir profesija".
1985 m. – "Pedagogikos praktikos darbai", "Ugdymo gairės".
1987 m. – "Pedagogikos pagrindai. T. 1. Bendroji pedagogika. Auklėjimo teorija".
1989 m. – "Pedagogikos pagrindai. T. 2. Didaktika".
1990 m. – "Ėjimas lieptu : eilės apie gimtinę", "Pedagogikos ir psichologijos darbų bibliografija".
1993 m. – "Pedagogikos terminai", "Edukologijos pradmenys : studijų knyga" (kiti leidimai: 1994, 1997 ir 2001 m.), "Edukologijos įvadas : mokomoji knyga" (kiti leidimai: 1996, 2002 m.).
1995 m. – "Hodegetika : auklėjimo mokslas" (kitas papildytas leidimas – 2003 m.).
1996 m. – "Vilniaus universiteto pedagoginės praktikos nuostatai ir metodiniai nurodymai" (parengė kartu su V. Aramavičiūte, S. Valatkiene ir V. Bernotu).
1997 m. – "Mokytojas Jonas Murka" (rinkinio sudarytojas ir bendraautoris).
1998 m. – "Apie mūsų būtį : jaunimui", "Mokytojo prisiminimai : autobiografija artimiesiems", "Pedagogikos terminai : sutrumpintas leidinys".
1999 m. – "Profesinio konsultavimo psichologija".
2000 m. – "Toks gyvenimas".
2001 m. – "Ugdymo mokslas ir praktika".
2003 m. – "Lieplaukė prie Germanto : Lieplaukės 750 metų minėjimo proga" (rinkinio sudarytojas ir bendraautoris), "Likimai : eilėraščiai".
2004 m. – "Pedagogikos ir psichologijos darbų bibliografija", "Veikimo įgymių plėtra : antropogogikos metmenys".
2007 m. – "Enciklopedinis edukologijos žodynas", "Edukologijos darbai : bibliografija, 1951–2007".
2009 m. – "Apie tikėjimo ugdymą : knyga ieškantiems tiesos : apmąstymai", "Gyvenimo sėkmės ugdymas : knyga skirta tėvams, studentams, pedagogams, siekiantiems kurti laimingą gyvenimą sau ir kitiems", "Profesinio orientavimo ir konsultavimo psichologija : besirenkančiųjų profesiją pagalbininko knyga".
2010 m. – "Saviugda šiandien : kuriančiam savo gyvenimą jaunimui ir jo ugdytojui".
2011 m. – "Edukologija : rinktiniai raštai. T. 1. Edukologijos įvadas. Edukologijos pradmenys", "Pedagogikos propedeutika".
2012 m. – "Edukologija : rinktiniai raštai. T. 2. Hodegetika. Apie tikėjimo ugdymą. Apie mūsų būtį".
Kartu su kitais autoriais jis sudarė ir išleido dviejų tomų leidinį "Pedagogikos pagrindai" (1987–1989 m.).
Iš vokiečių kalbos jis išvertė Immanuelio Kanto knygą "Apie pedagogiką" (1990 m.).
Vilniaus universitetas parengė ir išleido mokslo studiją "Leonas Jovaiša: nuo pedagogikos edukologijos link" (sudarytoja Vanda Aramavičiūtė, 2013 m.).
L. Jovaiša apdovanotas Didžiojo Lietuvos kunigaikščio Gedimino ordino Riterio kryžiumi (2001 m.).
Mirė 2017 m. sausio 17 d. Vilniuje.