1997 m. įsteigtas E. Šimkūnaitės labdaros ir paramos fondas (www.simkunaites-fondas.lt) remia farmacijos ir vaistažolininkystės studentus bei vaistažolių tyrimo srities darbus. Apie Lietuvos žiniuone vadinamą moterį Henrikas Šablevičius (1930–2004) sukūrė dokumentinį filmą „Žiniuonė“ (1975).
Beveik 400 puslapių knygoje rasime E. Šimkūnaitės pasakojimus apie savo gyvenimą, draugų atsiminimus ir žiniuonei skirtus laiškus, eiles.
„Eugenijos Šimkūnaitės testamentinę valią – ant kapo pasodinti vyšnią – fondo bendraminčiai įvykdė kartu su Botanikos institutu ir Lietuvos sodininkų draugija“, – pasakoja Alijušas Grėbliūnas (p. 346). Leidykla „Žuvėdra“ yra išleidusi ne vieną E. Šimkūnaitei skirtą knygą: „Gyvenimo receptai“, „Gyvenimo paslaptys ir lemtys“, „Gyvenimas be tablečių“.
Jonas Trinkūnas be užuolankų E. Šimkūnaitę vadina „Saulės žiniuone“. 1967–1973 m. suaktyvėjusios kraštotyros sąjūdžio vedliai buvo J. Trinkūnas, Česlovas Kudaba (1934–1993), Norbertas Vėlius (1938–1996), Marija Gimbutienė (1921–1994) ir E. Šimkūnaitė. „Eugenija Šimkūnaitė iš karto tapo svarbiausia mūsų judėjimo įkvėpėja. Pačioje pirmojoje Rasos šventėje 1967 m. Kernavėje ji visus mokino kupoliavimo paslapčių ir tiesiog įkvėpė Rasos šventės dvasią, kuri dar gyvavo daug metų. (...) Galiu sakyti neabejodamas, E. Šimkūnaitė buvo Saulės garbintoja. Jos atkurtos lietuvių mitologijos centre buvo Saulė. (...) Pati Žiniuonė yra prasitarusi, jog į mūsų dienas ji atvykusi visai iš kitos epochos“ (p. 280–283).
1970 m. kovo 18 d. per paskaitą apie pavasario šventes (šv. Velykas ji vadindavo Vasaroverčiais) E. Šimkūnaitė kalbėjo pranašiškai: „Kai pasaulis atsiduria kritinėje būsenoje, laikas pasižiūrėti, kur mūsų šaknys“ (p. 282).